Se encarga de todos los controles contables, así como de la gestión económica y la planificación financiera. Cuenta con un Sistema de Contabilidad computarizado, que permite el manejo de fondos por departamentos, programas y proyectos. Se realizan dos auditorías externas anuales, las cuales certifican la transparencia de la economía institucional.
Coordinador: Lic. Diesnel Santos Álvarez (Licenciado en Contabilidad y Finanza)
